V prípade intolerancie laktózy ide  o poruchu trávenia, zatiaľ čo u alergie na bielkovinu kravského mlieka o nežiaducu reakciu imunitného systému.

Laktóza je mliečny cukor, ktorý je prirodzenou súčasťou mlieka a mliečnych výrobkov. V tenkom čreve sa laktóza štiepi pomocou enzýmu laktázy na  glukózu a galaktózu.  V prípade jeho zníženej funkcie, respektíve chýbaniu aktivity tohto enzýmu sa neštiepená laktóza nevstrebáva a presúva sa do nižších častí tráviaceho traktu. Nevstrebaná laktóza v tenkom čreve vytvára osmotický gradient s následným prechodom vody a elektrolytov do čreva. Takto zväčšený črevný obsah stimuluje motilitu a urýchľuje pasáž črevného obsahu. Okrem toho v hrubom čreve  laktózu začnú štiepiť baktérie za vzniku  mliečnej kyseliny, vodíka oxidu uhličitého, metánu a hydroxidových komponentov.

Výsledkom nedostatočne strávenej laktózy sú prejavy ako hnačka, kolikovité bolesti brucha, pocity nafukovania, pocity plnosti a škŕkanie v bruchu. Laktózová intolerancia môže byť aj  prechodný stav, kedy človek laktózu netoleruje len chvíľu. Je to najčastejšie v prípade infekcie tráviaceho systému, alebo prechodná laktózová intolerancia po užívaní antibiotík. Diéta pri intolerancii mliečneho cukru je jednoduchšia v porovnaní s diétou pri alergii. Pri intolerancii pacient môže konzumovať kyslomliečne výrobky so živými probiotickými kultúrami (jogurty, kyslé mlieko, zrejúce syry), tvaroh. Obsah laktózy v mliečnych výrobkoch sa kvasením znižuje.

Na trhu sú k dispozícii mlieka alebo mliečne výrobky s nízkym obsahom laktózy. Kozie mlieko má prirodzene nižší obsah laktózy ako kravské mlieko, rastlinné mlieka (sojové, špaldové, kokosové, orieškové, pohankové, ovsené, kukuričné) sú prirodzene bezlaktózové. Okrem toho sú v lekárňach dostupné aj enzymatické prípravky s obsahom laktázy – enzýmu ktorý trávi laktózu, ktoré sa konzumujú určitý čas  pred požitím mlieka a mliečnych výrobkov.

Na potvrdenie poruchy tolerancie laktózy sa používa laktózový test , kde sa meria množstvo vodíka vo vydychovanom vzduchu pred a v určitých intervaloch po vypití laktózy.