Pri fruktózovej inzolerancii dochádza k poruche trávenia ovocného cukru (fruktózy- jednoduchý cukor), následkom čoho je narušená absorpcia (vstrebávanie) fruktózy v tenkom čreve. Nestrávený  cukor sa presúva z tenkého čreva do hrubého, kde je  fruktóza fermentovaná črevnými baktériami produkujúcimi vodík, oxid uhličitý, metán a mastné kyseliny s krátkym reťazcom. To vedie k príznakom podobným ako pri intolerancii laktózy- nafukovanie, kŕče, nevoľnosť, hnačky alebo obstipácia (zápcha).

Podobne ako pri intolerancii laktózy sa diagnostika robí neinvazívne- dychovým testom, pri ktorom sa po vypití zarobenej fruktózy meria vodík vo vydychovanom vzduchu.)  Tento typ intolerancie je často krát  prechodný a dočasný po nejakom zápalovom črevnom ochorení. Existuje aj tzv. Hereditárna fruktózová intolerancia, ktorá je dedičná, celoživotná a prejavuje sa od kojeneckého veku, resp. od zavedenia fruktózy do jedálničku dieťaťa. Fruktóza sa nachádza predovšetkým v prírodných produktoch ako med, ovocie, niektoré druhy zeleniny, kukuričný sirup, sladkosti. Konzumácia glukózy súčasne s fruktózou zlepšuje totiž vstrebávanie fruktózy a môže tak zabrániť rozvoju príznakov. (Napríklad ľudia môžu tolerovať ovocie, ako grep alebo banány, ktoré obsahujú podobné množstvo fruktózy, ako jablká, ktoré netolerujú, pretože jablká narozdiel od grepu/ banánu, obsahujú vysokú hladinu fruktózy a nižšiu hladinu glukózy)

Potraviny bohaté na fruktózu:

• ovocie: jablká, slivky, hrozienka, ďatle, ovocie v džúsoch , sirupoch a v ovocných sladidlách 
• med
• zelenina: artičoky, špargľa, brokolica, poór, cibuľa, hrach, šalotka, rajčiny a produkty z rajčín (kečup)
• cereálie: pšeničné
• marinované mäso, šampióny
• mliečne jogurty obsahujúce fruktózový sirup ( napr. niektoré jogurty)

Potraviny s nízkym obsahom fruktózy:

• ovocie: avocado, brusnice, citron, ananas, jahody, mandarinky, banány
• zelenina: repa, mrkva, pažitka, zeler, paštrnák, reďkovka, rebarbora, sladké zemiaky, špenát, ružičková kapusta, kapusta, karfiol, 
• strukoviny, tofu
• cereálie: pohánka kukurica, bezlepkový chlieb, ovos, ryža
• mliečne produkty: mlieko, syry, jogurt bez fruktózového sirupu, sójové, mandlové a ryžové mlieko
• mäso: všetky druhy, ryby

Liečba pozostáva v znížení príjmu potravín obsahujúcich fruktózu, na úroveň, ktorú pacient toleruje a pri ktorej nemá ťažkosti.