Potravinová intolerancia je na rozdiel od potravinovej alergie (ktorú spúšťa imunitný systém) reakciou tráviaceho systému  a preto nedochádza k vytváraniu protilátok. Ide teda o problém s trávením, najčastejšie kvôli nedostatku enzýmov.  Napríklad intolerancia na laktózu nastáva vtedy, keď tráviaci trakt neprodukuje enzýmy potrebné na strávenie toho typu cukrov, ktoré sa nachádzajú v mliečnych výrobkoch.

Keďže pri potravinovej intolerancii telo nevytvára protilátky, intolerancia sa zvyčajne prejaví, už keď človek zje potravinu vo väčšom množstve. Pri malej porcii určitého jedla ešte nemusia nastať problémy, ale pri väčšom množstve už áno. V tom je rozdiel oproti vážnym potravinovým alergiám, pri ktorých môže ohroziť život aj malé množstvo jedla. Medzi najčastejšie potravinové intolerancie, ktoré aj u nás vieme vyšetriť je laktózová, fruktózová a histamínová intolerancia.